故事开始由萤火虫之光引领，在清太兄妹上火车时被转化为远处战火映下的红光，暗示神户空袭枪林弹雨的情景。 昭和20年（1945年）9月21日深夜，神户市三之宫车站，14岁衣衫褴褛的清太被清洁员工发现坐在柱旁一角饿毙（战事结束前因物资短缺，车站内经常有人饿死），而清太红色的灵魂在远目；员工在其身上寻找，看看有否值钱之物，发现身旁有个水果糖铁罐（内有节子的骨灰）觉得没用便使劲抛到旁边草丛，这引起一群萤火虫飞舞，萤光影衬著死去的清太与节子，清太捡起草丛中的水果糖罐，故事亦由此引领我们倒叙到1944年...二战末之日本，当海军军官的父亲于1944年末再被征召入伍。由于为军人家庭，家境原本十分富裕；由始改变清太家的命运。1945年6月5日盟军反攻日本，以B29战机于神户连番轰炸，清太家也不能幸免，患心脏病之母走避不及被严重炸伤至死，遗下一只玉戒（给4岁的节子），几套和服和近7000圆的银行存款。此后清太俩便投靠亲戚家，初时亲戚亦因清太为海军家庭而厚待，后因物资短缺、配给不定而被迫把母亲的和服换作米粮，节子嚎啕大哭（节子视之如母之回忆）但清太按捺着节子与自己，门外的清太灵魂亦不忍听到并回想过去樱光飘下的家庭…后亲戚觉得清太在家游手好闲（清太以照顾节子为由）对其冷淡起来至关系恶劣，从分灶煮食到清太立心搬到近郊湖畔的防空洞开展“新生活”─挣扎求存。一晚，清太找来小壶满载萤火虫与节子在洞内共享，萤光犹如军舰灯光，清太哼着著名的《军舰》进行曲……翌日萤火虫死掉，节子为它们立墓以念母亲，勾起清太的泪水。物资越见短缺，两人却不愿回头依靠亲戚，故开始做起偷窃农地粮食的犯罪行为。没有大人照顾和防空洞的环境脏乱，节子开始出现营养不良与长满湿疹等症状，日渐消瘦并多次晕倒在外，清太乞求施舍无效仍继续到农地偷窃以果腹，但有一次晚间偷窃未果被打至伤势严重，故清太转而冒轰炸之危险进村抢夺，其人格和价值观扭曲。一天清太到银行取款时得知日本投降之消息，惊觉父亲阵亡；回洞发觉节子躺着以石头与弹珠（玻璃波子）为食，遂把买来的新鲜西瓜切开握在节子手上，节子道“哥哥很疼我”，清太回头把东西安顿好，却没想到这一别，与节子成永诀。清太买下柴，回洞路上听到邻家唱机响起《Home, sweet Home》一曲，再次堕入回忆节子纯真生活。清太把节子的骨灰放进水果糖罐中旁身，镜头又再次回到死去的清太与节子，在城市灯光间与萤火光中结束故事。

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